Kompleks leśny składa się z trzech jednostek: właściwej Puszczy Białowieskiej, Puszczy Świsłockiej oraz Puszczy Ladzkiej, będącej pozostałością dawnej Puszczy Bielskiej. Każda z tych puszcz przedstawiała w przeszłości odrębny obiekt administracyjno-gospodarczy i miała innego właściciela. Pod względem przyrodniczo-geograficznym stanowiły one jedną całość.

Puszcza Białowieska leży w południowej części Niziny Północnopodlaskiej na Równinie Bielskiej. W świetle badań geograficznych puszczę Białowieską wraz z całą północno-wschodnią Polską wypada zaliczyć już do obszaru Europy wschodniej. Granica państwowa z Białorusią dzieli cały kompleks na dwie części: zachodnią i wschodnią. Kompleks leśny rozciąga się około 55 km z zachodu na wschód i 51 km z północy na południe. Puszcza Białowieska wraz z Puszczą Ladzką i Puszczą Świsłocką zajmuje obszar około 1250 km, z czego w Polsce leży około 580 km.

Polska część Puszczy Białowieskiej leży w województwie podlaskim. Lasy puszczy wchodzą w skład trzech nadleśnictw: Białowieża, Browsk i Hajnówka. Puszcza leży w dorzeczu Narewki i Leśnej. Poza nadleśnictwami obejmującymi lasy użytkowane gospodarczo, wyodrębniono w puszczy jeden obiekt specjalny, utrzymany na prawach ścisłego rezerwatu przyrody - Białowieski Park Narodowy.

Cała puszcza jest podzielona na oddziały leśne w kształcie kwadratów o boku jednej wiorsty (1066 m). Oddziały numerowane są jednolicie w obrębie polskiej i białoruskiej części puszczy z zachodu na wschód i z północy na południe. Poza Parkiem Narodowym oddziały leśne dzielą się na pododdziały oznakowane literami ABCD. Wzdłuż linii oddziałowych przeprowadzane są przecinki lub drogi.