Zbiornikiem wodnym Siemianówka zarządza Wojewódzki Zarząd Melioracji i Urządzeń Wodnych w Białymstoku. Z jego struktur - do zadań związanych z eksploatacją wszystkich obiektów zbiornika, zapewnieniem ich należytego stanu technicznego, obsługi i bezpieczeństwa - wydzielony został w lutym 1991 r. dział Eksploatacji Zbiornika Wodnego Siemianówka z siedzibą we wsi Łuka.

Piętrzenie wody w zbiorniku nie powodowały użytkownikowi większych kłopotów. Do ważniejszych robót uzupełniających należy zaliczyć zabezpieczenie skarp starego nasypu kolejowego, na którym wybudowana jest napowietrzna linia energetyczna. Zastosowane umocnienia biologiczno - kamienne zabezpieczyły nasyp przed destrukcyjnym działaniem falowania. Innym zabiegiem było wykonanie małośrednicowych drenów pionowych w rowach przyzaporowych dla likwidacji zaobserwowanych zjawisk sufozyjnych.

Na obiektach zbiornika prowadzone są stałe pomiary, badania i obserwacje dotyczące dynamiki wód filtracyjnych w zaporach ziemnych, odkształceń pionowych i poziomych budowli, dopływów do zbiornika i zrzutów wody, badań jakości wody, a także reżimu wód gruntowych na terenach przyległych. Wyniki tych badań nie wykazują nieprawidłowości w funkcjonowaniu budowli i urządzeń. Nie obserwuje się zmian poziomów wód gruntowych i ujemnego wpływu piętrzenia na sąsiadujące ze zbiornikiem tereny rolnicze, ani też na obszary leśne, w tym na drzewostan Puszczy Białowieskiej.